Мы поможем подготовить материал для монографии, кандидатской или докторской диссертации, а также разместим Ваши статьи в рейтинговых научных изданиях.

Поиск на официальном сайте PubMed и структура базы

Поиск на официальном сайте PubMed и структура базы
Содержание

Изучение любой научной проблемы начинают с поиска публикаций. На настоящий момент существуют тысячи научных журналов. Чтобы облегчить доступ к содержащейся в них информации, создаются базы данных.

Структура базы PubMed

MEDLINE

Medline (Medical Literature Online, Медлайн) – электронная англоязычная база данных, специализирующаяся на медико-биологических науках. Хранение полных текстов занимает большой объём, поэтому Medline содержит только библиографические описания статей и ссылки (links) на электронные источники. Здесь хранится информация примерно о 25 миллионах публикаций, изданных с 1946 года. Полные тексты некоторых статей можно найти на сайте PubMed Central (PMC).

Библиографическая карточка (описание статьи) состоит из набора элементов, или полей (рис. 1). Каждое поле содержит строго определённый тип информации: автора, название, год издания и т.д. Всего в Medline предусмотрено 62 поля, их описания можно посмотреть здесь.

Рис. 1 Пример библиографического описания статьи (в формате Medline)

1.png

Для удобства пользователей была создана поисковая система PubMed, являющаяся частью системы Entrez (Entrez Global Query Cross-Database Search System). Medline – основная база для PubMed, но есть и другие.

PreMEDLINE

Чтобы попасть в базу Medline, все описания предварительно проходят процесс индексирования. Специалисты знакомятся с содержанием статьи и определяют, к каким рубрикам её лучше отнести и какие индексы для этого использовать.

Библиографические карточки без индексирования хранятся в библиотеке PreMedline и отмечаются подписью [PubMed - in process]. Обычно это карточки новых или мало востребованных статей.

Другие источники

Когда издатели готовятся выпустить статью, они составляют библиографическое описание на английском и могут заранее послать его в NLM (National Library of Medicine – американскую Национальную Медицинскую Библиотеку). Такие документы тоже можно найти с помощью PubMed, они помечаются [PubMed ― as supplied by publishers].

Альтернативными источниками для поисковой системы являются описания статей из некоторых журналов («General Science», «General Chemistry», «Life Science» и др.) и книжная полка NCBI (National Center for Biotechnology Information, что переводится как «Национальный центр биотехнологической информации»).

Не индексированные документы нельзя найти, пользуясь предметными рубриками. В этом случае они не будут отображаться.

Поиск по базе PubMed

Работу начинают с домашней страницы Home - PubMed – NCBI. История запросов пользователя сохраняется автоматически на сутки. Поиск в PubMed производится по полям, для этого нужно знать принятые сокращения. Запрос нужно делать, пользуясь правилами синтаксиса, то есть вводя поисковые термины в строго определённом порядке. Получить результат можно и в обход этих правил, но он будет неполным или неадекватным. Чтобы найти информацию, надо набрать поисковый запрос в командной строке на домашней странице (Home) и нажать Enter на клавиатуре, либо кликнуть надпись «Search» (рис. 2).

Рис. 2 Домашняя страница PubMed, строка поиска

2.png

На странице официального сайта можно найти список стоп-слов.

Это часто употребляемые слова, которые не несут самостоятельной смысловой нагрузки: артикли, предлоги, междометия. Вводить их в строку поиска нельзя.

Для каждого конкретного поля свои варианты допустимых поисковых терминов. Это может быть:

  • Слово – на английском языке.
  • Корень слова – обозначается астериском (звёздочкой). Это не обязательно должен быть именно корень, просто слово с усечённой частью. Удобно использовать для ввода однокоренных существительных. К примеру, по запросу cancer* будут найдены слова cancer, cancers, cancerogenesis и т.д.
  • Фраза – несколько слов, введённых последовательно.
  • Термин – из списка Mesh Database.
  • Число
  • Комбинация букв и цифр

Поисковые термины должны быть объединены между собой логическими операторами. Операторы читаются слева направо. Чтобы изменить порядок чтения, пользуются круглыми скобками (по алгебраическим правилам).

PubMed работает с универсальными операторами:

  1. OR – объединение, т.е. в найденных документах будет встречаться хотя бы один из соединённых терминов;
  2. NOT – исключение, ни в одном из найденных документов не будет термина, перед которым стоит оператор;
  3. AND – пересечение, каждый из соединённых оператором терминов должен находится в документе.

Если в поисковом запросе не указан оператор между соседними терминами, PubMed автоматически подставит AND.

Специфические операторы:

[…] – квадратные скобки, оператор обращения в поле, ставится после поискового термина, без пробела. К примеру, поиск по названию: health[ti].

* – астериск – оператор усечения по корню.

/ – косая черта – оператор для присоединения подтермина к термину (см. MeSH).

: – двоеточие, оператор для указания интервала между датами.

Поиск по ключевым словам

Если запросить поиск слова, не указав поле, PubMed начнёт искать по всем полям последовательно. Для получения более точных результатов придётся использовать поля.

Найти работы, посвящённые чему-либо, поможет поле названия (title) – [ti]. Использование словоформ (усечение по корню) даст больше результатов

Можно искать целые фразы. У системы PubMed есть словарь устойчивых фраз, куда входят названия болезней, процедур, лекарственных веществ и др. 

Если введённая фраза не входит в словарь, между словами автоматически будет поставлен оператор AND.

В этом случае отобразятся документы, где термины находятся в разных полях и не связаны между собой. Чтобы такого не случилось, лучше всегда проверять, правильно ли выполнен перевод и входит ли фраза в число устойчивых.

Поиск по предметным рубрикам

В процессе индексирования каждой статье присваивают несколько рубрик, к которым её можно отнести. Полный список предметных рубрик содержит словарь MeSH Database. Термины в нём имеют иерархию по типу классификации болезней ВОЗ. К каждому прилагается описание и список подтерминов (рис. 4). Все их можно найти на официальном сайте. (рис. 3)

Рис. 3 MeSH Database

3.png

Рис. 4 Описание термина в словаре MeSH, список подтерминов

5.png

Рубрики формализуют содержание статьи, но за процесс индексирования отвечают люди, то есть он происходит субъективно. А если статья, к примеру, на русском языке и без перевода, её индексируют, опираясь только на авторское описание. Иногда по этой причине возникают ошибки.

Для поиска по медицинским предметным рубрикам (Medical Subject Headings, или MeSH) в PubMed используют поле [mh]. Слова необходимо вводить точно так, как они записаны в MeSH Database. Термин присоединяется к подтермину косой чертой, а главный из них обозначается астериском

То есть, по запросу *asthma/genetics[mh] PubMed найдёт статьи, где основная тема – астма, а по запросу asthma/*genetics[mh] – статьи, где внимание акцентировано именно на генетических предпосылках к заболеванию.

Поиск по автору

Для поиска по автору в PubMed используется поле [au]. Есть несколько способов:

  • Искать по фамилии автора: Smith[au].
  • По фамилии и одному инициалу: Smith J[au].
  • По фамилии и двум инициалам. Это могут быть имя и отчество или два имени, зависит от страны автора: Smith J K[au].

Наиболее информативен второй вариант. В разных изданиях могут быть указаны разные инициалы одного и того же человека, поэтому поиск по одному инициалу будет самым эффективным.

Ещё одна проблема – перевод фамилий с русского на английский язык. Иногда издательства и автор пользуются разными таблицами транслитерации. В таких случаях приходиться вводить несколько вариантов фамилии через оператор OR.

Операции с результатами поиска

По умолчанию результаты поиска выводятся PubMed на экран в формате коротких библиографических записей (Summary). Формат вывода можно менять, чтобы просматривать только интересующие поля.

Если полный текст статьи есть в открытом доступе (в PubMed Central), это отображается специальным значком.

Найденные библиографические карточки можно сохранить. Для этого достаточно отметить галочкой нужные и кликнуть на «Send links to» вверху страницы. Затем следует выбрать, куда отправить документы (рис. 5). Самые популярные варианты:

  1. File – сохранить в виде файлов в свою библиотеку в выбранном формате.
  2. E-mail – сохранить и отправить ссылки по электронной почте. Можно приписать комментарий к каждому документу и выбрать формат описаний.

Рис. 5 Выбор способа сохранения файлов

6.png

Можно вместе с описаниями скачать тексты статей, которые есть в PubMed Central.

Дополнительные поисковые средства

Альтернативой поиску по предметным рубрикам является словарь INDEX PubMed. Все термины там расположены в алфавитном порядке и разбиты на блоки (авторы, названия журналов и т.д.).

Удобно пользоваться фильтрами для добавления ограничений при поиске. Их список располагается в левой части экрана на домашней странице (Home). Нужно кликнуть «Show additional filters» и отметить выбранные (рис. 5). Так, с помощью фильтров, можно искать статьи только на русском языке.

Рис. 5 Добавление фильтров для результатов поиска

7.png

Вообще же, система поиска PubMed имеет много дополнительных опций и нюансов. Изучить их все можно в разделе Entrez PubMed на официальном сайте.



Возврат к списку